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基因體暨生物資訊研究所 Institute of Genomics and Bioinformatics: 98至103學年度畢業論文

98至103學年度畢業論文

98至103學年度畢業論文

中文姓名 中文論文名稱 中文關鍵字 英文關鍵字 畢業學年度
賴政國 人類與黑猩猩微核醣核酸轉錄起始位點的比較研究 微核醣核酸;轉錄起始位;微核醣核酸轉錄;序列比對 microRNA;transcription start site;miRNA transcription;sequence alignment 103
洪義閔 克雷白氏肺炎桿菌1084基因體小島模組間交互作用與功能之探討 基因體小島;克雷白氏肺炎桿菌;螯鐵分子;細菌素 genomic island;Colibactin;Microcin E492;yersiniabactin 103
林均蔚 提升產酸克雷白氏菌Dps獲取金屬離子能力 Dps蛋白;產酸克雷白氏菌 Dps protein;Klebsiella oxytoca 103
張詠鈞 利用HPLC分析克雷白氏肺炎桿菌1084及基因小島突變株之代謝物差異 克雷白氏肺炎桿菌;細菌素;colibactin;HPLC Klebsiella pneumoniae;microcin;colibactin;HPLC 103
陳冠群 iMADS 2.0:建構延伸型機器學習方法改進iMADS在蘭科之MADS-box基因預測 MADS-box轉錄因子;ABCDE模型;演化樹;支持向量機;iMADS MADS-box transcription factor;ABCDE model;Phylogenetic tree;SVMs;iMADS 103
李寧 利用新的特徵與非平衡式學習模型提升賴氨酸乙醯化作用位點之預測效能
 
賴胺酸乙醯化;非平衡式模型;K-value;Gas Lysine acetylation;imbalanced learning model;K-value;Gas 103
施雅茹 設計新的全方面資訊模型預測N-, O-和C-linked醣基化作用位點
 
醣基化位點預測;支持向量機;全方面資訊模型 glycosylation;support vector machine (SVM);comprehensive  information model 103
黃意真 以in vivo和in vitro模型進行克雷白氏肺炎桿菌1084的microcin E492與colibactin的功能性分析
 
克雷白氏肺炎桿菌1084 Klebsiella pneumoniae 1084;microcin E492;colibactin 103
李建融 使用癌症RNA-Seq資料建構全面性轉錄體表現量分析網頁伺服器 RNA-Seq;lncRNAs;癌症;轉錄異構體 RNA-Seq;lncRNAs;Cancer;Transcript isoform 103
蘇哲彥 Cav3.2 T 型鈣離子通道基因剔除小鼠微陣列晶片資料分析應用於創傷後壓力症候群
 
PTSD;小鼠恐懼制約實驗模型;鈣離子通道;微陣列;p-Value;資訊 獲利;IPA PTSD;Trace fear conditioning test with mice model;Ca on channel;microarray;p-Value;Information Gain;IPA 102
曾德維 利用基因表現量及轉錄因子資料預測基因在特定表徵下的調控關係
 
基因表達;轉錄因子;ChIP-seq 數據;調控 gene expression;transcription factors;ChIP-seq experiments;regulator 102
陳柏逢 基於蛋白質序列透過新穎的特徵設計與整體學習預測結構型B細胞抗原表位 B細胞抗原表位;機器學習;蛋白質三級結構;B細胞抗原表位預測;結構型抗原表位 B-cell epitope;machine learning;tertiary structure of proteins;structural epitope 103
郭一廷 Chlorella sp. DT蝦紅素生產之培養條件最適化並利用轉基因菸草生產蝦紅素 Chlorella sp. DT;蝦紅素;β-carotene ketolase Chlorella sp. DT;Astaxanthin;β-carotene ketolase 103
翁麗婷 利用B細胞抗原決定位和N醣基化位點探討A型流感廣用型疫苗設計之研究 紅血球凝集素;神經胺酸酶;N醣基化;B細胞線性抗原決定位 Hemagglutinin;Neuraminidase;N-linked glycosylation;Linear B-cell epitope 103
莊千瑩 利用X光繞射技術於蜂毒磷脂酶A1催化和色霉素A3螯合二價鈷二聚體作用於三重複核酸序列之機制研究 蜂毒磷脂酶A1;色霉素A3;CGG三核苷酸重複序列;DNA 甲基化 Phospholipase A1;Chromomycin A3;triplet repeats;DNA methylation 103
陳芊螢 以乳癌為例-全面性探討蛋白質轉譯後修飾作用之間的交互作用 蛋白質轉譯後修飾;交互作用;乳癌 Post-Translational Modification;Interaction (Crosstalk);Breast Cancer 102
朱虹瑄 利用帽分析基因表達資料與序列特性來預測微核醣核酸的啟動子區域 微核醣核酸;轉錄起始位;啟動子;最大期望值演算法 microRNA (miRNA);transcription start site (TSS);promoter;Expectation-Maximization (EM) algorithm 102
曾文萱 以結構為基礎探討鎳離子與色霉素A3形成的複合體與神經系統疾病相關之CCG三核苷酸重複序列的特異性結合 色黴素A3;三核苷酸重複序列;神經系統疾病;X光晶體學 Chromomycin A3;trinucleotide repeats;neurological disease;X-ray crystallography 102
宋美儀 肝癌與蛋白質磷酸化關聯性資料庫 肝癌;蛋白質磷酸化;基序;蛋白激酶 hepatocellular carcinoma;protein phosphorylation;motif;protein kinase 101
廖家逢 利用基因演算法輔助蟻群系統和機器學習方法之評估策略預測蛋白質磷酸化位置 磷酸化;激酶;蟻群系統;基因演算法;特徵選擇 phosphorylation;kinase;ant colony system;genetic algorithms;feature selection 101
梁恆豪 以蛋白質序列為基礎之結構型B細胞抗原決定位預測 結構型抗原決定位;支持向量機;關聯式規則;位置特異性分數矩陣 structural epitope;support vector machines;association rule;position-specific scoring matrix 101
李佳燁 一、果蠅Hopscotch kinase domain蛋白結晶與結構預測分析
二、產酸克雷白氏菌Klebsiella oxytoca之Fosfomycin resistance protein FosA的蛋白表現、純化與結晶
JAK/STAT訊息傳遞;果蠅;Hopscotch;產酸克雷白氏菌;FosA JAK/STAT signaling pathway;Drosophila melanogaster;Hopscotch;Klebsiella oxytoca;FosA 101
方浩宇 利用高通量定序資料預測老鼠微核醣核酸轉錄起始位置 微核醣核酸;轉錄起始位置;老鼠;支援向量學習機 miRNA;transcription start site (TSS);Support Vector Machine (SVM);mouse 101
林省言 利用結構分析以冠狀病毒核殼蛋白N端功能區為目標之抗病毒藥物開發 冠狀病毒;核殼蛋白;藥物設計 coronavirus;nucleoprotein;drug design 101
孫翰豪 採用可靠與有效的方法輔助預測人類蛋白質亞細胞位置 人類蛋白質;亞細胞位置;機器學習 human protein;subcellular localization;singleplex;multiplex;machine learning 101
徐仁徽 植基於資料探勘演算法在人類大腸癌資料集標靶基因篩選 大腸癌;倒傳遞類神經網路;隨機樹 Colon Cancer;Back-Propagation Neural Network;Random Tree 101
許郁彬 利用轉錄體資料分析並預測人類微核糖核酸之轉錄起始點 微核糖核酸;轉錄起始位;轉錄因子結合位;上游調控 MicroRNA;Transcription Start Site;TSS;Transcription Factor Binding Site;TFBS;upstream regulation 101
彭士銘 抗藥性細菌的基因體學研究 細菌抗藥性;基因體小島 Antimicrobial resistance;Genomic island 101
羅羽昇 以結構為基礎探討獨特DNA構造及其對神經系統疾病的相關性 剪切式GA配對;未配對G堆疊;中心粒;DNA重複序列;放線菌素D;結晶結構 sheared G·A pairs;unpaired G-stacks;centromere;DNA repeat;actinomycin D;crystal structure 101
陳啟瑋 使用機器學習與模型選擇預測蛋白質瓜胺酸化位置 瓜胺酸化;胜肽精胺酸去亞胺酶支持向量機;基因演算法 Citrullination;Peptidylarginine Deiminases;Support Vector Machine;Genetic Algorithm 100
張浩禎 使用機器學習與特徵選擇預測明膠酶的受質切位 明膠蛋白酶基質金屬蛋白酶-2;基質金屬蛋白酶-9;支持向量機;群間差異;GelCut gelatinase;matrix metalloproteinase-2;matrix metalloproteinase-9;support vector machine;fold change;GelCut 100
洪聖柔 PERT: 一個設計耐高溫蛋白質的綜合資訊平台 蛋白質工程;蛋白質熱穩定性;支持向量機 (SVM);特徵選取;國立中興大學 protein engineering;protein thermostability;support vector machine (SVM);feature selection;National Chung Hsing University 100
何紹瑜 蛋白質四級結構的分類:使用拔靴法選擇效能最佳之模型 多聚體分類;拔靴法;模型選擇;機器學習 polymer classification;bootstrap method;model selection;machine learning 100
何承偉 KStable:使用Kstar搭配regular-mRMR特徵選擇法預測蛋白質單點突變後熱穩定性之改變 蛋白質熱穩定性;機器學習法;mRMR特徵選擇;regular-mRMR protein thermostability;machine learning;mRMR feature selection;regular-mRMR 100
鍾玉鈴 應用統計分析Alpha1H T型鈣離子通道基因剔除小鼠大腦基因晶片 微陣列;鈣離子通道;F值篩選器;變異數分析;皮爾森相關係數 Microarray;calcium channel;F-selector;ANOVA;Pearson correlation coefficient 100
陳煒群 卵巢癌微陣列資料之特徵基因篩選及基因網絡之研究–以台灣為例 微陣列、特徵基因篩選、二階段分類法、標靶基因 Microarray, Feature Gene Selection, Two-Layer Classifier, Target Gene 100
陳怡穎 OrchidWeb:蘭花基因轉錄體之整合性網站 蘭花;蝴蝶蘭;基因轉錄體 Orchid;Phalaenopsis;transcriptome 100
洪偉欣 人類基因調控之整合型網站 預測;目標基因;單核苷酸多態性 predict;target genes;SNPs 100
劉濟輝 雞基因體內蛋白質基因的增加與消失之比較分析 基因同線性;性狀 synteny;trait 100
許君維 二價金屬離子對於色霉素A3作用在去氧核醣核酸的影響:在體外及體內的研究 藥物二聚體;色霉素 chromomycin;DNA binding 100
張竹瑋 提升Picrophilus torridus海藻糖合成酶的熱穩定性 海藻糖合成酶熱穩定性 trehalose synthase;thermostability 99
李加惠 小球藻肉桂醇去氫酶之選殖與生化特性分析 小球藻;肉桂醇去氫酶純化;生化特性 Chlorella sorokiniana T89;cinnamyl alcohol dehydrogenase;purify;biochemical characteristics 99
邱靖棉 小球藻cDNA註解與功能性基因分析 小球藻;註解;超氧歧化 Chlorella sorokiniana T89;annotated;superoxide dismutases 99
王詩惠 混合式大腦基因晶片分析系統-以小鼠大腦為例 微陣列;機器學習;鈣離子通道 Microarray;machine learning;calcium channel 99
潘偉傑 使用多種特徵方法預測siRNA之效率 基因沉默;siRNA效率;支持向量回歸;類神經網路;基因演算法 gene silencing;siRNA efficacy;support vector regression;neural networks;genetic algorithms 99
曾毓婷 人類蛋白異構體交互作用網路之機率模型 蛋白異構體;貝葉斯機率模型;蛋白質異構體交互作用預測 Protein isoform;Bayesian probability model;Isoform-isoform interactions 99
袁偉勝 利用染色質特徵及轉錄因子的結合活性建立轉錄表現量之模型 染色質;轉錄因子;轉錄表現量;支持向量迴歸 chromatin;transcription factor;transcription expression;Support Vector Regression (SVR) 99
丁羿嫣 利用關聯規則與類神經網路研究
神經細胞鈣離子之螢光強度變化
關聯規則;類神經網路;鈣離子濃度;鈉鉀幫浦 association rule;artifical neuron network;calcium concentration;Na+/K+-ATPase 98
林傑倫 預測單胺基酸突變對蛋白質穩定性的影響之研究-使用資料融合策略 蛋白質穩定性;機器學習;支持向量機;預測工具 Protein stability;Machine learning;Support Vector Machine;Predictor 98
詹憫正 使用支持向量機預測被子植物MADS-box基因分類與整合網站之建立 MADS-box基因;支持向量機;預測;分類;阿拉伯芥;文心蘭 MADS-box gene;SVM;prediction;classification;Arabidopsis thaliana;Oncidium Gower Ramsey 98
柯曉涵 植基於最短路徑演算法與條件機率在卵巢癌基因調控機制之研究 微陣列;主成分分析;變異數分析;監督式學習;貝氏定理;基因調控網路 Microarray;Principal component analysis;Analysis of Variance;Supervised learning;Bayesian theorem;Gene regulatory network 98
張栢彰 整合機器學習與傳統序列特徵挑選方法之高效率小片段干擾RNA設計 RNA干擾;小分子干擾RNA;機器學習;效率預測 RNAi;siRNA;Machine learning;efficacy prediction 98

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